Secondo il Department of Survey and Mapping della Malesia, la nazione è composta da isole 878. 394 di queste isole fa parte dello stato di Sabah. Il paese ha anche caratteristiche geografiche offshore 510 che non sono classificate come isole, come creste, banchi di sabbia o rocce. La maggior parte delle isole Sabah ha un nome, ma un numero significativo di isole rimane senza nome.
Isole più grandi di 250,000 km quadrati nell'area
Borneo
Sebbene l'isola del Borneo non sia interamente occupata dalla Malesia, è il più grande territorio su un'isola che fa parte della Malesia. Circa 26% dell'area dell'isola è occupata dagli stati malesi di Sabah e Sarawak. Solo il 1% dell'area dell'isola appartiene alla nazione del Brunei, mentre il resto dell'isola del Borneo fa parte dell'Indonesia. Sabah si trova nella parte settentrionale dell'isola e confina con il Kalimantan indonesiano e il Sarawak della Malesia a sud e sud-ovest, rispettivamente. Il Sarawak è situato nella parte nord-occidentale dell'isola e confina rispettivamente con Sabah e Kalimantan a nord-est e sud. Lo stato indipendente del Brunei confina con il Sarawak a nord.
Sebatik Island
Come il Borneo, anche l'isola di Sebatik è condivisa da diverse entità politiche. L'isola è divisa in territori indonesiani e malesi. L'isola si trova a circa 1 km dalla costa orientale del Borneo e occupa un'area di 452.2 km quadrati. La parte settentrionale dell'isola di Sebatik fa parte dello stato malese del Sabah e ha una popolazione di circa 25,000 persone. La parte meridionale dell'isola è parte del Kalimantan settentrionale indonesiano e ha una popolazione di circa 80,000 persone.
Isole più grandi di 200 km quadrati nell'area
Banggi Island
Situata vicino alla baia di Marudu e al largo della costa settentrionale del Sabah, Banggi Island è un'isola della Malesia che fa parte dello stato della Divisione Kudat di Sabah. È l'isola più grande che è occupata esclusivamente dalla Malesia e occupa un'area di 440.7 km quadrati. L'isola ha una popolazione di persone 30,000.
Bruit Island
Situata nel delta del Rejang, l'isola malese di Bruit fa parte dello stato del Sarawak. L'isola ha una popolazione di circa 30,000 persone ed è la seconda isola più grande che è occupata esclusivamente dalla Malesia. Due punti di traghetto collegano l'isola con la Malesia e altre isole. Diversi villaggi di pescatori punteggiano la costa di Bruit, il più grande dei quali è il Kampung Semop.
Langkawi
Langkawi è un arcipelago malese situato nel Mare delle Andamane, a circa 30 km al largo della costa della Malesia continentale. Le isole di Langkawi fanno parte dello stato malese di Kedah. L'isola più grande dell'arcipelago è l'isola di Langkawi, che ha una popolazione di persone 64,792. Delle isole 99 dell'arcipelago, solo quattro sono abitate. Oltre a Langkawi, le altre isole abitate includono Dayang Bunting, Rebak e Tuba. La popolazione totale dell'arcipelago è di circa 99,000 persone ed è una destinazione turistica popolare data la sua pletora di attrazioni naturali e artificiali.
Isola di Penang
Con un'area di 293 km quadrati, Penang Island è la quarta isola più grande che è occupata esclusivamente dalla Malesia. L'isola è sede di George Town, la città più popolosa dell'isola, e la seconda città malese più popolata. L'isola ha una popolazione di circa 738,500 e una densità di popolazione di circa 2,372 persone per km quadrato. Lo stretto di Penang separa l'isola dalla penisola malese.
Oltre alle isole sopra menzionate, la Malesia ha diverse isole più piccole di 200 km quadrati. Esempi di queste isole includono Aman (Penang), Sipadan (Sabah), Malacca (Malacca) e Rawa (Johor).
